Năm 1993, Chính phủ Việt Nam đã tổ chức Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội thành Đại học Quốc gia Hà Nội (theo Nghị định số 97/CP ngày 10 tháng 12 năm 1993 của Chính phủ). Đại học Quốc gia Hà Nội được hoạt động theo Quy chế về tổ chức và hoạt động do Thủ tướng Chính phủ Nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam ban hành theo Quyết định số 477/QĐ-TTg ngày 05 tháng 9 năm 1994.

Hiện tại Đại học Quốc gia Hà Nội bao gồm Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường Đại học Công nghệ, Trường Đại học Ngoại ngữ, Trường Đại học Kinh tế, Trường Đại học Y Dược, Trường Đại học Giáo dục, Trường Đại học Luật, Trường Đại học Việt Nhật, Trường Quốc Tế và Khoa Các Khoa học Liên Ngành.

Đại học Quốc gia Hà Nội được kế thừa từ Đại học Tổng hợp với đội ngũ giảng viên cao cấp, trình độ chuyên môn cao, đây là mái nhà chung của các giáo sư, phó giáo sư, tiến sĩ, tiến sĩ khoa học nhiều nhất Việt Nam.